Se encuentra sobre la línea férrea de Valladolid – Ariza (1895-1994) Actualmente fuera de servicio, el edificio esta destinado al uso particular. 

Tras varios años de obras, la línea Valladolid-Ariza fue abierta al tráfico en 1895. Los trabajos de construcción corrieron a cargo de la compañía MZA.

Catalogada en su inicio como apartadero, esta pequeña estación tenía inicialmente un solo andén y una vía de sobrepaso. Años después, se añadió una tercera vía, que contaba con un pequeño almacén y dos casetas de Vías y Obras. 

En 1941, con la nacionalización del ferrocarril de ancho ibérico, las instalaciones pasaron a manos de la recién creada RENFE

Con el paso de los años Laguna de Duero perdió importancia y acabaría siendo reclasificado como un apeadero. En enero de 1985 las instalaciones, al igual que el resto de la línea fueron clausuradas al tráfico de pasajeros. El trazado todavía se mantuvo abierto para la circulación de trenes de mercancías durante algún tiempo, hasta su clausura definitiva en 1994.

Actualmente la estación de Laguna está habitada, y aunque cuando se inauguró la Valladolid – Ariza estaba algo alejada del pueblo, la rápida expansión de éste en las últimas décadas la sitúa hoy en día en pleno casco urbano.